Проїзд на МЦД можна сплатити транспортною карткою «Трійка», банківськими та соціальними картами, смартфоном з платіжним додатком та NFC. Вартість подорожі залежить від зони МЦД. Їх три: «Центральна», «Передмістя» та «Дальня». Крім того, на МЦД діють квитки та абонементи на електрички.
Разова поїздка за тарифом «Гаманець» картки «Трійка» у зоні «Пригород» у 2022 р. стоїть 60 рублів з можливістю безкоштовної пересадки на станції пересадки метро і МЦК.
Для користувачів картки Трійка передбачені безкоштовні пересадки з МЦД на метро, МЦК та назад протягом 90 хвилин з моменту першої валідації. Для цього потрібно валідувати проїзний при вході та виході з МЦД, а потім при вході до метрополітену. Купівля квитка на електричку не передбачає безкоштовної пересадки на метро.
Проїзд на метро, МЦК, МЦД та наземному транспорті можна сплатити «Трійкою» зі смартфона Разом з Google, Samsung, ВТБ та Mastercard запускаємо віртуальну «Трійку»: тепер кожен може сплатити проїзд на метро, МЦК, МЦД та наземному транспорті смартфоном.