Основними особливостями хімічного складу байкальських вод є сталість вмісту головних іонів, низька концентрація біогенних елементів та органічної речовини, а також високе насичення води киснем.
Вода в Байкале відноситься до слабомінералізованих м'яких вод. У середньому частку гідрокарбонатів кальцію припадає до 84%, хлоридів і сульфатів – 7%, лужних металів – 9%. Хімічний склад води порівняно однорідний через інтенсивне перемішування.
Байкал – фабрика чиста води Отже, властивості байкальської води: – низька солоність, прозорість, насиченість киснем – пов'язані зі слабкою мінералізацією приток озера, низькою температурою води та діяльністю живих організмів, що мешкають в озері. Тому Байкал можна назвати «фабрикою чистою води».
Вся справа в унікальній системі очищення води, передбаченої природою. Справа в тому що вода в Байкал потрапляє з найчистіших гірських джерел, струмків та річок, що впадають до нього. На дні озера живуть губки – нерухомі істоти, дуже схожі на рослини. Вони й очищають Байкал, харчуючись зваженими речовинами в воді.