Гексан чинить подразнювальну дію на шкіру; у разі внутрішнього споживання пошкоджує легені; під час вдихання діє як наркотична речовина, спричиняючи сонливість, запаморочення, ураження периферичної нервової системи та оніміння ніг, пригнічення ЦНС. Пари гексану викликають подразнення слизової оболонки очей.
Безпека гексану Негайно зверніться за медичною допомогою. У разі проковтування прополоскати рот водою і не викликати блювання. Якщо в результаті все одно виникне блювання, тримайте пацієнта за голову нижче стегон, щоб не допустити потрапляння токсичної хімічної речовини в легені.
У чистому вигляді гексан не вибухає. Однак випаровування і змішування парів гексану з атмосферним повітрям навіть у слабкій концентрації (до 8% парів гексану в повітрі) суміш стає дуже вибухонебезпечною.