Саянські гори порізані каньйонами, які утворюються в результаті "роботи" річок, що стікають з їх схилів і прорізають собі шлях. З цієї причини тут дуже багато водоспадів – рахунок йде на десятки і сотні. Правда, більшість водоспадів активні лише в найтепліші місяці року, оскільки восени вони замерзають.
Річки відносяться до Єнісеєвого басейну. На схилах переважає гірська тайга, що переходить у гірську тундру. Між хребтами Саян знаходяться понад десяток западин різних розмірів і глибини, найзнаменитіша з яких — Мінусинська улоговина, відома своїми археологічними пам'ятками.
Мунку-Са…3 491 мТункінські Гольці3 157 мКітойські Гольці3 215 м Саяни/Гори
На північний схід від хребта лежить Окінське плато, на схід відходять Тункінські Гольці, на південь розташоване озеро Хубсугул. На південних схилах Великого Саяна беруть початок монгольські річки Тенгесин-Гол та Сяржик-Гол, на північних — витоки приток верхів'я річки Окі.