Походження Ніндзюцу є спотвореним використанням людиною ніншуу Мудреця Шесті Шляхів, спочатку створеним його сином, Індрой; замість того, щоб використовувати чакру для досягнення розуміння та створення світу, як передбачалося Мудрецем, люди використовували чакру як зброю для війни.
Перші ніндзя з'явилися у Японії понад десять століть тому, але розквіт ниндзюцу припав на період Сенгоку (період воюючих провінцій, XV і XVI століття). Образ ніндзя, який знайомий нам з сучасних оповідань і фільмів, створювався пізніше.
닌자 «приховується; той, хто ховається» < 忍ぶ синобу «приховувати(ся), ховати(ся); терпіти, переносити» + ки моно – суфікс для людей і професій), інша назва – синобі-но-моно (忍びの者, коротко – синобі 忍び) – розвідник-диверсант, шпигун, шпигун і найманий вбивця в середньовічній Японії; людина, що володіє мистецтвом ниндзюцу.
Ніндзюцу (Яп. 忍術, «Мистецтво скритності») – сформована в Японії в XV-XVI ст. комплексна дисципліна, що включає мистецтво шпигунства, методику диверсійної роботи в тилу ворога, елементи виживання і багато іншого.