У ході серіалу Рей Аянамі вмирала принаймні двічі. У цих випадках вона, мабуть, була відроджена за допомогою системи псевдопілота та маси клонованих тіл. У процесі вона втрачає останні спогади, але в епізоді 23 вона, мабуть, може визнати, що третя інкарнація.
Незабаром розкриваються дивовижні факти: Рей на насправді – клон, в якому збереглися залишки душі Юї Ікарі – матері Сіндзі Ікарі, головного героя. До того ж у ДНК присутні частки Ангела Ліліт. Небагато відходячи від сюжету, варто уточнити день народження Аянами.
Вона померла 2004 року в результаті контактного експерименту з Євою-01, але її душа живе в ній як доказ вічного існування людини.