Головна історія поділена на 13 глав. Кожен розділ складається з трьох окремих, але пов'язаних між собою частин.
Глави Усього 17 глав у грі: Глава 1: Пов'язаний клятвою Глава 2: Агент нерухомості в тіні
Оскільки гра складається з 16 основних глав, те, як і у випадку з Yakuza 0, проходження Yakuza Kiwami 2 буде поділено на чотири великі частини. Для початку розглянемо глави з 1 до 4.
Сюжетна частина гри проходить за 20 годин, проте решту 20 я витратив на прокачування і сайдквести.