Зазвичай короткий протокол ЕКЗ призначають жінкам старшого віку. Він не включає регулюючу фазу, тому яйцеклітини в результаті стимуляції отримують менше. Довгий протокол ЕКЗ дозволяє отримати до 20 яйцеклітин. Його рекомендують пацієнткам із ендометріозом, міомою, надмірною масою тіла.
Показання до призначення довгого протоколу ЕКО патології репродуктивної системи – ендометріоз, кісти яєчників, міоми; надлишкова вироблення андрогену (гіперандрогенія); низький фолікулярний резерв; пізній репродуктивний вік пацієнтки (від 35 років);
Довгий протокол ефективний при низці гінекологічних захворювань: ендометріоз, міома матки. Також він може бути показаний за поганої якості яйцеклітин, отриманих у короткому протоколі. Недолік: значно зростає ризик гіперстимуляції яєчників.