З наближенням зими звірята стають сонливішими, їх активність значно і поступово зменшується, поки вони остаточно не впадуть у сплячку, яка може тривати. від листопада до березня.
У природі вони зимують у дуплах, де температура трохи вища за вуличну. Саме рясні запаси їжі дозволяють звірам перечекати суворі зими. Зустріти житло бурундука можна не тільки на високих старих деревах, а й у чагарниках черемхи, березняка або верби.
При заляганні у сплячку бурундук має незначне накопичення підшкірного жиру, що становить трохи більше 10-12% ваги. За час зимової сплячки звірятко втрачає від 10% до 30% від початкової своєї ваги. Прокидаються з початком танення снігу. Іноді самець та самка зимують спільно.
Живуть сибірські бурундуки поодинці, кожен на своїй території. В одній норі ніколи не зможуть ужитися два звірята. Цим тваринам властива складна система звукової сигналізації. При виникненні небезпеки вони однозначно свистять або видають різку трель, що нагадує пташиною.