Розташована на Японський архіпелаг, що складається, за підрахунками влади країни, з 6852 островів. Чотири найбільші острови — Хонсю, Хоккайдо, Кюсю та Сікоку — становлять понад 95 % загальної площі архіпелагу.
Японія – Острівна держава в Східній Азії. Японські острови простягаються від Охотського моря на півночі до Східно-Китайського моря на півдні, відокремлюючи ще одне море – Японське – від Тихого океану. Країна не має сухопутних кордонів. Морем Японія межує з Росією, Китаєм та республікою Корея.
У період від Реставрації Мейдзі до кінця Другої світової війни повна назва Японії звучало як Дай Ніппон Тейкоку (大日本帝国), що означає Велика Японська імперія. Зараз японці називають країну «Ніппон» або «Ніхон», обидва варіанти записуються за допомогою кандзі (Japan).
Розташування Японія лежить на 36° на північ від екватора та на 138° на схід від грінвічського меридіана. Країна розташовується на північний схід від Китаю та Тайваню (відокремлена від них Східно-Китайським морем) та суворо на сході від Кореї (відокремлена Японським морем). На північ від Японії лежить далекосхідний регіон Росії.