При вагінальному кандидозі флуконазол приймають одноразово внутрішньо у дозі 150 мг. Для зниження частоти рецидивів вагінального кандидозу препарат можна використовувати в дозі 150 мг 1 раз на місяць. Тривалість терапії визначають індивідуально; вона варіює від 4 до 12 місяців.
При орофарингеальному кандидозі препарат зазвичай призначають по 50-100 мг один раз на добу; тривалість лікування – 7-14 днів. При необхідності, у хворих з вираженим зниженням імунітету лікування може бути тривалішим (3 тижні).
Флуконазол застосовують щодня раз на добу. При кандидозі слизових оболонок рекомендована доза флуконазолу становить 3 мг/кг один раз на день. У перший день з метою швидшого досягнення рівноважної концентрації можна застосовувати ударну дозу 6 мг/кг.