Магній погано засвоюється (лише на 30%) і лише за наявності достатнього рівня вітаміну D (а в більшості є його дефіцит). Засвоєння магнію порушує кофеїн, алкоголь, фітинова кислота у продуктах, рафіновані продукти, нікотин, пересолена їжа.
Найголовніші вороги гарного засвоєння магнію – алкоголь та куріння. Ці чинники можна назвати «важкою артилерією», завдяки якій усі заходи щодо вибудовування оптимального раціону харчування безглузді. У курців магній ніколи не засвоюється у достатній кількості.
Споживання магнію з кальцієм, натрієм чи фосфором веде до зменшення його абсорбції. Залізо зменшує засвоєння магнію у дванадцятипалій кишці. Якщо поєднувати мінерал із прийомом надмірно жирної їжі, відбувається утворення милоподібних солей, які не засвоюються у травному тракті.
Негативно на засвоюваність магнію впливає надмірне споживання кальцію, натрію, білка або жиру з їжею, що суттєво знижує надходження магнію в організм через утворення його комплексів, що не всмоктуються.